Cetuksen sukellustoiminnassa ovat mukana laitesukellus, snorklaus, vapaasukellus sekä kerhotoiminta.
Cetus järjestää snorklauskursseja eri ikäisille. Laitesukelluskurssit järjestetään yhteistyössä Helsingin Sukelluskeskuksen kanssa. Kerhotoimintaan osallistuu niin vapaasukeltajia, laitesukeltajia kuin snorklaajiakin. Cetuksen vapaasukeltajat osallistuvat aktiivisesti arvokilpailuihin ympäri maailmaa. Cetus sukellusjaoksen jäsen on myös mukana Sukeltajainliiton hallituksessa.